«Болонья» основана в 1909 году. Изначально основатели задумывали клуб как способ заниматься на свежем воздухе и назвали его «Туристический кружок Болоньи», но уже через год «Болонья» обрела независимость.
Расцвет клуба пришелся на 20-е и 30-е года. В это время «Болонья» стала пятикратным чемпионом Италии и дважды выиграла Кубок Митропы – это один из первых международных клубных европейских турниров, прообраз Кубка обладателей кубков и нынешней Лиги чемпионов.
В 1941 году «Болонья» в шестой раз стала чемпионом, после чего последовал спад. В послевоенное время клуб в основном занимал места вне первой тройки. В 60-х годах «Болонья» снова вернула позиции – Кубок Митропы в 1961-м и чемпионство в 1964-м, два Кубка Италии в 1970-м и 1974-м. Это были последние трофеи в истории клуба.
В конце 70-х годов у клуба начался спад. «Болонья» снова стабильно занимала места ниже топ-3, в 1982 году и вовсе вылетела в Серию Б, а спустя год — в Серию С. В 1993 году, спустя несколько лет скитаний по дивизионам, «Болонья» стала банкротом, восстановилась по решению суда и продолжила выступать в Серии С. Клуб периодически возвращался в элиту, пока в 2014 году его не выкупили американские бизнесмены. С тех пор «Болонья» остается в Серии А, хоть и не занимает высокие места.
С 2019 года «Болонью» тренирует хорватский специалист Синиша Михайлович.